Les phénomènes hydrologiques sont essentiels dans la répartition des espèces pélagiques et leur abondance en certains secteurs. La mer de Java est le siège d'importants mouvements d'eaux, dépendants du régime des moussons, qui modifient profondément son hydrologie. Les fluctuations de la température sont faibles alors que celles de la salinité sont élevées. Ces variations sont dues à deux agents climatiques, le vent et la pluviométrie. Ils induisent la présence plus ou moins saisonnière de populations halieutiques dont la répartition géographique et la composition spécifique varie en fonction des seuils de tolérance des espèces à la salinité. La pêcherie à la senne tournante et coulissante met bien en évidence ces phénomènes. Dans les zones de pêche traditionnelles les proportions des diverses populations côtières, néritiques et océaniques sont équilibrées. Le transfert des zones de pêche des senneurs vers l'est de la région provoque une modification de ce rapport et les espèces océaniques deviennent prépondérantes. Les captures suivent un rythme semi-annuel bien marqué, calqué sur le rythme de la mousson et déterminé par l'intensité et la direction des vents. Les relations entre les facteurs climatiques (vents et pluies) et les paramètres de la pêcherie montrent qu'il existe un effet saisonnier important. Les rendements peuvent être reliés au vent et à la pluie avec un décalage de deux mois. Ces deux facteurs ont une double action en agissant sur la disponibilité de la ressource et la pression de pêche. Cependant, il est difficile de quantifier cette action qui agit à divers niveaux avec parfois des effets opposés.