El estudio del parentesco permite comprender mejor las sociedades antiguas porque está relacionado con el comportamiento social, económico, político y reproductivo de la población. Es posible conocer la magnitud de la endogamia y hacer inferencias sobre la movilidad de ambos sexos. Una mayor similitud genética promedio dentro de muestras femeninas sugiere mayor migración masculina (modelo de residencia posmarital matrilocal). A la inversa se deduce un modelo de residencia patrilocal y si no hay diferencias se infiere un modelo bilocal. Nuestro objetivo es conocer la divergencia genética entre grupos incas del altiplano del noroeste de Cusco utilizando caracteres cuantitativos del cráneo para estimar el parentesco, el número de migrantes por generación y el patrón de residencia posmarital. Los restos óseos empleados (99 cráneos masculinos y 75 femeninos) proviene de los sitios Paucarcancha, Patallacta y Torontoy. Se aplicaron técnicas de análisis multivariado y modelos derivados de la genética de poblaciones. Existen diferencias morfológicas entre los sitios a pesar de la escasa distancia geográfica. La divergencia genética fue de 0,035 (siete individuos migrantes por generación). La varianza dentro de grupos es similar en ambos sexos (modelo posmarital bilocal). Se discute la evidencia obtenida con otras localidades y subregiones del Área Andina Centro Meridional.