Trois microalgues, Synechocystis (Picocyanobactérie), Chlorella et Micractinium (Chlorophyta) se développant dans le lagunage naturel, ont été mises en culture en milieu axénique et ensemencées dans des microcosmes d'eau usée filtrée, stérilisée ou non. Ceci dans le but d'évaluer les voies d'élimination de NH4, apporté par cette eau usée. L'assimilation algale, la nitrification et le stripping de NH3, se sont révélées les principales voies d'élimination de l'ammonium dans le milieu non stérilisé. Par ailleurs, dans le milieu stérilisé, seuls l'assimilation algale et le stripping sont présents. Les bactéries hétérotrophes aérobies semblent ne pas intervenir dans cette élimination.

Pour apporter des éléments de gestion destinés à une station pilote de lagunage mise en place au cours de l'été 1992 à Château-Thierry, de nombreuses expérimentations ont été effectuées à petite échelle au Muséum national d'Histoire naturelle de Paris. Des microalgues vertes du groupe des volvocales et des chlorococcales sont utilisées pour mobiliser les nutriments contenus dans le lisier de porc. Il s'agit essentiellement de Scenedesmus falcatus Chod. et de S. quadricauda (Turp.) de Breb., espèces qui présentent une forte affinité pour l'azote ammoniacal, forme d'azote prépondérante dans le lisier. De très bonnes productions algales (jusqu'à 315 g MS.m-2.semaine-1) et une épuration parfois totale de certains éléments azotés comme l'azote ammoniacal ont été obtenues. Pourtant, pendant l'hiver, ces performances sont nettement moins bonnes. Un système de chauffage permettrait de remédier à ce problème, mais il est encore nécessaire d'étudier la rentabilité économique de tels dispositifs. Les proliférations de zooplancton (daphnies, rotifères) sont susceptibles de provoquer une disparition du phytoplancton en raison du broutage excessif, mais il est aisé de les contrôler en empoissonnant les cultures et en augmentant le temps de rétention de l'eau dans les enceintes.