Genetic diversity and bottleneck analysis of Konkan Kanyal goats

Summary

Konkan Kanyal goats are medium-sized animals reared for meat purpose. They are predominantly black in colour with white markings in a specific pattern and are found in the Kudal, Sawantwadi, Dodamarg, Malvan and Vengurle Talukas of Sindhudurg district of Konkan region of Maharashtra state. The mean body weight ranges from 30 kg in adult females to 35 kg in males. The age at first kidding, kidding interval and twinning of these goats is 546 days, 240 days and 35 percent respectively. The average daily milk yield and lactation yield were found to be 0.6 and 69 kg, respectively. Characterization of Konkan Kanyal goats was carried out using a panel of 25 microsatellite markers. The genomic DNA of 50 unrelated goats was isolated and PCR amplified under standardized PCR conditions. The amplified DNA was used for genotyping by the automated DNA Sequencer ABI 3730. The analysis of data revealed that the effective number of alleles ranged from 1.17 to 8.94 and the number of observed alleles ranged from 5 to 19. A total of 255 alleles were observed with a mean of 10.2 alleles/locus. The observed heterozygosity ranged from 0.13 to 0.95, while the expected heterozygosity ranged from 0.14 to 0.89, indicating the heterogeneous nature of the population distributed in the breeding tract. The mean polymorphism content was 0.79. The qualitative graphical method based on the allele frequency spectra detected no shift in the frequency distribution of alleles and a normal L-shaped curve was observed where the alleles with the lowest frequencies were found to be most abundant. Based on the phenotypic and genetic variability, Konkan Kanyal goats appear to be distinct from other goats of Maharashtra state.

Résumé

Les chèvres Konkan Kanyal, de taille moyenne, sont élevées pour leur viande. Elles sont principalement de couleur noire avec des taches blanches ayant un motif caractéristique et vivent dans les unités administratives de Kudal, Sawantwadi, Dodamarg, Malvan et Vengurle du district de Sindhudurg sur la côte de Konkan dans l'État du Maharashtra. La moyenne de leur poids corporel varie entre 29,80 kg pour les femelles adultes et 35,26 kg pour les mâles. L'âge au premier agnelage et l'intervalle entre les agnelages sont respectivement de 546 jours et de 240 jours. Trente-cinq pour cent des naissances de ces chèvres sont gémellaires. On a constaté que le rendement moyen de lait par jour et la quantité de lait donnée au cours d'une lactation sont respectivement de 0,6 kg et de 69 kg. La caractérisation des chèvres Konkan Kanyal a été réalisée en utilisant un panel de vingt-cinq marqueurs microsatellites. L'ADN génomique de 50 chèvres sans liens de parenté a été isolé et amplifié selon des méthodes PCR standardisées. L'ADN amplifié a été utilisé pour le génotypage par le biais du séquenceur automatisé d'ADN ABI 3730. L'analyse des données a indiqué que le nombre réel d'allèles varie entre 1,17 et 8,94 et le nombre d'allèles observés entre 5 et 19. On a constaté au total 255 allèles avec une moyenne de 10,2 allèles par locus. L'hétérozygosité observée oscille entre 0,13 et 0,95 tandis que l'hétérozygosité prévue oscille entre 0,14 et 0,89, ce qui indique la nature hétérogène de la population dans la zone d'élevage. Le polymorphisme moyen est 0,79. La méthode graphique qualitative basée sur le spectre de fréquence allélique n'a décelé aucun changement dans la distribution de fréquence des allèles et l'on a observé une courbe en L normale où les allèles ayant les fréquences plus faibles étaient les plus abondants. Sur la base de la variabilité phénotypique et génétique, les chèvres Konkan Kanyal semblent se différencier des autres chèvres de l'État du Maharashtra.

Resumen

Las cabras Konkan Kanyal son animales de tamaño mediano criadas para la producción de carne. Presentan capa predominantemente de color negro con marcas blancas distribuidas siguiendo un patrón específico y se encuentran los distritos de Kudal, Sawantwadi, Dodamarg, Malvan y Vengurle Talukas de la región de Konkan, en el Estado de Maharashtra. El peso corporal medio es de 29,80 kg. en el caso de las hembras adultas y de 35,26 kg. en el caso de los machos. La edad al primer parto, el intervalo entre partos y los partos gemelares en estas cabras es a los 546 días, de 240 días y del 35 percent, respectivamente. La producción de leche media al día y por lactación es de 0,6 kg. y 69 kg., respectivamente. La caracterización de las cabras Konkan Kanyal se llevó a cabo utilizando un panel de veinte cinco marcadores de microsatélites. Fue aislado el ADN de 50 ejemplares no emparentados y amplificado mediante PCR bajo condiciones normalizadas de dicha técnica. La amplificación de ADN se utilizó para la determinación del genotipo por el secuenciador automático de ADN ABI 3730. El análisis de los datos reveló que el número efectivo de alelos oscilaba entre 1,17 y 8,94 y que el número de alelos observados oscilaba entre 5 y 19. Asimismo, se observó un total de 255 alelos, con una media de 10,2 alelos por locus. La heterocigosidad observada osciló entre 0,13 y 0,95, mientras que la heterocigosidad esperada osciló entre 0,14 y 0,89, lo que indica la naturaleza heterogénea de la población distribuida por la zona de cría. El contenido medio de polimorfismo fue de 0,79. El método gráfico cualitativo, basado en los espectros de frecuencia de los alelos, no detectó ningún cambio en la distribución de frecuencias de alelos y se observó una curva L normal cuando los alelos con las frecuencias más bajas resultaron ser más abundantes. Tomando como base la variabilidad fenotípica y genética, las cabras Konkan Kanyal parecen ser diferentes de otras poblaciones caprinas del Estado de Maharashtra.