Nouvelles approches d'étude des réseaux microbiens

Abstract

Les écosystèmes aquatiques sont des milieux privilégiés pour les transports d'organismes, les échanges entre individus, les évolutions rapides de communautés, combinés à la propagation rapide de signaux physiques et chimiques dans l'environnement. Les réseaux microbiens, composés d'une grande variété de micro-organismes (des bactéries au phytoplancton et aux protozoaires) dans divers états physiologiques, sont la base du fonctionnement de ces écosystèmes. L'identification des micro-organismes présents, et de leurs activités in situ, sont des défis technologiques permanents pour le microbiologiste. Les différentes évolutions technologiques concernent : i) L'amélioration des techniques de dénombrement des bactéries vivantes. ii) L'adaptation des techniques de cytométrie (en image et/ou en flux) associées à des marqueurs fluorescents au comptage des micro-organismes in situ. Ces comptages peuvent concerner la présence d'une espèce ou d'une fonction métabolique (association de l'immunofluorescence avec la microscopie ou la cytométrie de flux, ou encore utilisation de sondes phylogénétiques fluorescentes à différents niveaux taxonomiques). iii) La combinaison des techniques décrivant l'état et les fonctions des microflores (biomasse, production, vitesse et rendement de croissance, diverses activités métaboliques intervenant dans les cycles biogéochimiques et/ou les processus de pollution ou de bioremediation) avec des techniques de chimie analytique fine décrivant le milieu naturel (HPLC, chromatographie gazeuse, spectrométrie de masse). iv) La recherche au niveau cellulaire de la réponse bactérienne aux conditions de stress par la mise en évidence de systèmes protéiques nouveaux.