Les rapports entre « sciences de l'organisation » et « analyse historique » n'ont rien d'évident. L'analyse historique telle qu'elle s'est exprimée dans les Annales ESC au cours des différentes phases de leur évolution n'a accordé beaucoup d'importance ni à la prise de décision ni aux institutions. Inversement les sciences de l'organisation sont avant tout des sciences appliquées qui font jouer leurs acquis au service des entreprises et des administrations, alors que l'histoire reste encore majoritairement une discipline de recherche fondamentale.
La définition du terme d'organisation donne lieu de longue date à de vifs débats. L'observation courante en montre vite la grande diversité. On distingue d'ordinaire les organisations marchandes (entreprises, sociétés de services, organismes publics comme les hôpitaux, etc.) et les organisations non marchandes (administrations, armées, Églises, associations à but non lucratif, partis politiques, syndicats).